A döntést megerősítette a Magyarországi Református Egyház Zsinata is. Az új rektort a köztársasági elnök nevezi ki.

Balla Péter 2009 áprilisától rektori feladatokkal megbízott rektor-helyettesként vezeti az egyetemet. 2009 nyarán ugyan az egyetem szenátusa kiírt egy pályázatot, de arra senki nem jelentkezett, így Balla Péter megbízása maradt érvényben, amit a zsinat is jóváhagyott.

A református felsőoktatási intézmény fenntartója, az MRE május elején írt ki pályázatot a rektori posztra, amelyre Balla Péter pályázott, majd május 25-én, szerdán az egyetem szenátusa rektorrá választotta.

Balla Péter megkeresésünkre elmondta, azután nyilatkozik bővebben terveiről, miután az államfő kinevezte.